Resultados

El programa ÓMICAS se ha trazado como resultados la generación de conocimiento teórico y aplicado distribuido de la siguiente manera: 

Generación de conocimiento

Artículos

Publicados 

Año Artículo
2020 Colorado, JD; Cera-Bornacelli, N; Caldas, JS; Petro, E; Rebolledo, MC; Cuellar, D; Calderon, F; Mondragon IF; 
Jaramillo-Botero A. Estimation of Nitrogen in Rice Crops From UAV-Captured Images. Remote Sensing 12(20):
3396. https://doi.org/10.3390/rs12203396
2020

Colorado, JD; Calderón, F; Méndez, D; Petro, E; Rojas, JP; Correa, ES; Mondragón, IF; Rebolledo, MC;
Jaramillo-Botero. A novel NIR-image segmentation method for the precise estimation of above-ground biomass
in rice crops. PLoS ONE 15(10): e0239591. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0239591
2020 Forero, M; Méndez, D; Murcía, HF. 2020. Comparative study of point cloud registration techniques between ICP
and others. In Proceedings of the SPIE  Optical Engineering + Applications 2020. Proceedings Volume 11510,
Applications of Digital Image Processing XLIII; 115101H (2020) https://doi.org/10.1117/12.2566889
2020 Jimenez, DA; Benitiez HD; Vargas HD; Chanussot J. Graph-based data fusion applied to: change detection and
biomass estimation in rice crops. Remote Sensing. DOI 10.3390/rs12172683
2020 J. M. Marmolejo-Tejada and A. Jaramillo-Botero. Effect of surface oxidation on the electronic transport
properties of phosphorene gas sensors: a computational study. The Royal Society of Chemistry,
DOI: 10.1039/d0ra00416b
2019 Romero M.; Quimbaya M.; Rocha J.; Finke J. In silico Gene Annotation Prediction using the Co-expression
Network Structure 
2019 J. M. Marmolejo-Tejada and A. Jaramillo-Botero. Partially-oxidized phosphorene sensor for the detection of
sub-nano Molar concentrations of nitric oxide: A first-principles study. Physical Chemistry Chemical Physics. 
DOI 10.1039/C9CP03912K
2019 Devia CA; Rojas JP; Petro E; Martinez C; Mondragon IF; Patino D; Rebolledo MC; Colorado J. High-Throughput
Biomass Estimation in Rice Crops Using UAV Multispectral Imagery. Journal of Intelligent & Robotic Systems, 
DOI 10.1007/s10846-019-01001-5
2019

Jaramillo-Botero A; Marmolejo-Tejada JM. All-Armchar Graphene Nanoriboon Field Uriding Phosphate Glucose
Sensor: First-Principles In-Silico Design and Characterization. En IEEE Sensors, DOI 10.1109/JSEN.2019.2896448

 

Sometidos

Año Artículo
2020 Assessment of the development of spinach plants (Spinacia oleracea) treated with silver-incorporated titanium
dioxide nanoparticles
2020 AI-driven maturity stage identification of Amazonian fruits
2020 Al-driven nitrogen estimation in rice crops from UAV-captured images 
2019 Nonlinear model predictive control for input-affine systems using the extended modal series method 
2019 An air-ground WSN-UAV approach for crop monitoring
2020 Recent Progress in Nanotechnology for IoT Applications

 

En preparación

Año Artículo
2019 Epigenetic mechanisms involved in aluminum stress response in plants
2019 Electrochemical Bio-Nanosensor: A Review of Recent Applications” a ECS 
2019 Role of G-Protein-coupled Receptor 1, GCR1, as a true GPCR in Plant Hormone Perception and Action
2019 AI-driven nitrogen estimation in rice crops using aerial robotic systems

Capítulos de libros

Productos patentados

Aprobadas

Año Título invención Autores
2020 Síntesis de nanopartículas de oro funcionalizadas y nanocompuestos
que las contiene para la medición de sacarosa o almidón en células		 Andrés Jaramillo-Botero, Diana Patricia 
Hermith Ramírez y Pedro Hernández 
2019 Equipo medidor fotoacústico portátil de razón de evolución de oxígeno Fernando Gordillo, Jhon Alexander García,
Diego Fernando Valencia

 

Sometidas

Año Título invención Autores
2020

Nanosensor de efecto de campo para la detección de metabolitos
simples en organismos vivos

 Andrés Jaramillo y Juan Manuel Marmolejo
2020 Phenoagro: sistema y método para el fenotipado de plantas mediante
IoT		 María Camila Rebolledo, Juan Andrés
Cardoso, Andrés Jaramillo, Hernán Dario
Benitez, Luis Eduardo Tobón

Apropiación social

Eventos científicos

Año Conferencia Ponente Ponencia y Autores 
2020 17th International Conferencia
on Nanosciences &
Nanotechnologies		 Juan Manuel Marmolejo Marmolejo-Tejada, J.M., Jaramillo-Botero, A. Partially-Oxidized Phosphorene-Based Sensors and Surface Oxidation Effects. 17th International Conferencia on Nanosciences & Nanotechnologies. 7-10 July 2020, Thessaloniki, Greece
2020 SPIE Optics+Photonics 2020 Julián Colorado Manuel G. Forero, Dehyro Méndez, Harold F. Murcía. 2020. Comparative study of point cloud registration techniques between ICP and others. In Proceedings of the SPIE Optics+Photonics 2020, 24 - 28 August, San Diego, CA, USA. https://spie.org/OPO/conferencedetails/digital-image-processing#session-10
2019 Complex Networks 2019 Miguel Romero Romero, M; Finke, J; Quimbaya, M; Rocha, C; In-silico gen annotation prediction using the co-expression network structure. Lisbon, Portugal
2019 16th International Conference on
Informatics in Control, Automation
and Robotics 		 Julián Colorado

Devia, C.; Rojas, J.; Petro, E.; Martinez, C.; Mondragon, I.; Patino, D.; Rebolledo, C. and Colorado, J. (2019). Aerial Monitoring of Rice Crop Variables using an UAV Robotic System. In Proceedings of the 16th International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics - Volume 2: ICINCO, 29-31 July. Prague, Czech Republic, ISBN 978-989-758-380-3, pages 97-103. DOI:10.5220/0007909900970103 https://www.scitepress.org/PublicationsDetail.aspx?ID=z7YDJoVCoNc=&t=1  
2019 The 6th International Conference
on Control, Decision and
Information Technologies
(CODIT’19) 		 Julián Colorado Gradient-Descent based Nonlinear Model Predictive Control for Input-Affine Systems. The 6th International Conference on Control, Decision and Information Technologies (CODIT’19). April 23-26, 2019. Paris, France.

 

Talleres y seminarios

Año Actividad Lugar Nivel Nombre de la actividad académica
2020 Seminario PUJC Pregrado y posgrado Graph-based data fusion applied to: change detection and biomass estimation in rice crops, por David
Jiménez
2020 Seminario PUJC Pregrado y posgrado Identificación del rol de GCR1 en la señalización asociada al estrés por sequía, durante los procesos de
germinación y dormancia en semillas, por Pedro Hernández
2020 Seminario PUJC Pregrado y posgrado Análisis estadístico de emisiones de metano y óxido nitroso en cultivos de arroz con menor consumo
de agua, por Sandra Loaiza
2020 Seminario PUJC Pregrado y posgrado Electroquímica para la Vida: Electroremediación, fabricación de sensores y biosensores, por Drochss 
Valencia
2020 Seminario PUJC Pregrado y posgrado Fabricación electroquímica de sensores, el caso del sensor de bismuto para la determinación de aluminio,
por María Camila Ayala
2020 Seminario Caltech Posgrado Bionanosensor for SARS-CoV-2, por Andrés Jaramillo
2020 Seminario PUJC Pregrado  Trascendiendo Fronteras Disciplinares, por Andrés Jaramillo
2020 Taller PUJC Pregrado Oportunidades de Investigación  para Estudiantes Avanzados de Ingenieria de Sistemas y Computación
en Ciencias Omicas y Nanosensores
2019 Taller PUJC Pregrado y posgrado Uso de herramientas puntuales de genómica comparativa
2019 Taller PUJC Pregrado y posgrado Diseño de nanosensores para cultivos agrícolas
2019 Taller PUJC Pregrado y posgrado Modelado y simulación de proteínas mediante dinámica molecular
2019 Taller PUJC Pregrado y posgrado Tecnologías y métodos para la fenotipificación de cultivos agrícolas
2019 Taller PUJC Pregrado y posgrado Aprendizaje automático en bioinformática
2019 Taller PUJC Pregrado y posgrado Mitigación de gases de efecto invernadero en sistemas de cultivos: teoría y cuantificación
2019 Seminario PUJC Maestría/Doctorado Aplicación de diferentes métricas de dependencia entre variables en la detección de coexpresión de
genes en el arroz, por Nicolás López
2019 Seminario PUJC Maestría/Doctorado Identificación de regiones diferencialmente metiladas utilizando un modelo oculto de Markov (HMM-DM),
por Jenny Gallo
2019 Seminario PUJC Maestría/Doctorado WGCNA y método LASSO en la identificación de genes clave para fenotipos relacionados con la tolerancia
a salinidad en plantas de arroz (Oryza Sativa), por Camila Riccio 
2019 Seminario PUJC Maestría/Doctorado Selección genómica mediante modelos paramétricos: Regresión de Rigde y Lasso Bayesiano,
por Carolina Saavedra
2019 Seminario PUJC Maestría/Doctorado Graph based data fusion: Application to Change detection and rice crops phenotyping, por David Jiménez
2019 Seminario PUJC Maestría/Doctorado Node label and link prediction in complex networks, por Miguel Romero
2019 Seminario PUJC Maestría/Doctorado A New Role for G-Protein-coupled Receptor 1, GCR1, as a true GPCR, por Pedro Hernández

Cursos posgrado

Año/período Nombre del curso de posgrado Institución Proyecto
2020-01 Ciencia e Ingeniería de Nanoescala  PUJC P2
2020-01 Bases formales de la computación PUJC P5
2020-01 Análisis de redes para grandes vólumenes de datos  PUJC P5
2020-01 Química y física de materiales  PUJC P2
2020-01 Biología celular y molecular PUJC P1
2019-02 Fundamentos en algoritmos y programación PUJC P5
2019-02 Genómica y proteómica PUJC P1-P3
2019-02 Mapeo genético avanzado  Icesi P6
2019-02 CRISPR para la ediciónde genomas Icesi P6
2019-02 Nanoelectrónica PUJC P2
2019-01 Procesamiento digital de imágenes PUJC P4
2019-01 Bioinformártica PUJC P1
2019-01 Diseño e implementación de algoritmos PUJC P5

Cursos de capacitaciones

Formación

Estudiantes de doctorado

Camila Riccio
Carolina Saavedra Díaz
Chrystian Camilo Sosa
David Alejandro Jiménez
Gustavo Lara-Cruz
Hugo Jaimes Quiñones
Jenny Gallo
Manuel Camilo Valencia
Miguel Romero
Nicolás López
Pedro Miguel Hernández
Sammy Alejandro Perdomo

Estudiantes de maestría

Damián Martínez
Dehyro Méndez
Jairo Arcos
Juliana Chaura
Manuel Felipe García

Estudiantes de pregrado

Año/período Nombre del curso/semillero/trabajo de grado Institución No. de
estudiantes 		 Proyecto
2020 Trabajo de grado: Design and characterization of a graphene nanosensor
for the detection of Ammonia (NH3), por Claudia Ramírez		 PUJC 1 P2
2020 Trabajo de grado: Fabricación electroquímica de un sensor de bismuto  
para la determinación de aluminio, por María Camila Ayala		 USACA 1 P2
2020 Trabajo de grado: Control de altura basado en información visual y láser
para monitoreo de cultivos agrícolas mediante un UAV, por Wilson
Andrés Benavides Castro y Juan Camilo Tolosa Medina		 PUJB 2 P4
2020 Trabajo de grado: Mediciones de REO con FA en arroz y nanopartícula
de TiO2, por Felipe Casas		 Uniquindío 1 P4
2020 Trabajo de grado: Caracterización de un canal inalámbrico en un cultivo
de arroz, por Juan Zambrano 		 PUJC 1 P4
2020 Trabajo de grado: Sistema de monitoreo fenotípico de Arabidopsis
Thaliana,activación de la fotosíntesis y ciclos foto morfogénicos en
espacios sin luz natural, por Julián Llamo		 PUJC  1 P4
2020 Trabajo de grado: Técnicas de aprendizaje de máquina aplicadas en
estimación de niveles de nitrógeno en cultivos de arroz, por Juan
Sebastián Caldas y Natalia Cera		 PUJB 2 P4
2020 Trabajo de grado: Optimización de trayectorias para un UAV en
agricultura de precisión, por Christian Santiago Muñoz y
Juan Sebastián Corredor		 PUJB 2 P4
2020 Trabajo de grado: Evaluación de la tasa de crecimiento y actividad
fotosintética de variedades de arroz (Oryza Sativa) con alto
potencial de rendimiento y adaptabilidad, por Andrés Felipe Arango		 Uniquindío 1 P4
2020 Trabajo de grado: Análisis de la respuesta fotoluminiscente de
diferentes clases comerciales de arroz, por Juan Felipe
Franco Escobar		 Uniquindío 1 P4
2020 Trabajo de grado: In-silico design of a graphene nanoribbon field
effect transitor (GNRFET) sensor for the detection of starch, por 
Isabella López Cifuentes  		 PJUC 1 P2
2019-02 Trabajo de grado: Estimación de estrés hídrico en cultivos de arroz a
partir del procesamiento de imágenes térmicas, por Daniel Panche 		 PUJB 1 P4
2019-02 Trabajo de grado: Segmentación del dosel arboreo en cultivos de arroz
a partir de procesamiento de imágenes, por David Felipe Cuellar 		 PUJB 1 P4
2018-02 Trabajo de grado: Técnicas de aprendizaje de máquina aplicadas en 
estimación de niveles de nitrógeno en cultivos de arroz, por Juan
Sebastián Caldas y Natalia Cera Bornacelli 		 PUJB 2 P4

 

Posdoctorado

Juan Manuel Marmolejo

Manuel Peñuela 

Vinculación de recurso humano

Estudiantes de pregrado

Año/período Nombre del curso/semillero/trabajo de grado Institución No. de
estudiantes 		 Proyecto
2019 Joven investigador: Mariana Botero - Trabajo: NPs de Ag para atacar
el mal de Panamá		 Uniquindío 1 P4
2019 Joven investigador: Daniel Iván Rey - Trabajo: Implementación de
sistema portátil para medición de REO con FA con Raspberry		 Uniquindío 1 P4
2019-02 Semillero de investigación en fisiología vegetal y ómicas aplicadas
al mejoramiento vegetal		 Icesi 10 P3
2019-01 Semillero de investigación en exobiología y tópicos en ciencias
planetarias		 Icesi 8 P3
2019-01 Semillero de Investigación en fisiología vegetal y ómicas aplicadas
al mejoramiento vegetal		 Icesi 10 P3
2019-01 Curso en Bioinformática PUJC 15 P1
2018-02 Semillero de Investigación en fisiología vegetal y ómicas aplicadas
al mejoramiento vegetal		   8 P3
2018-02 Semillero en exobiología y tópicos en ciencias planetarias  Icesi 8 P3

 

Estudiantes de maestría

Año/período Nombre del curso/semillero/trabajo de grado Institución Proyecto
2020 Héctor Enrique Heredia PUJB P4
2020 Claudia Ocampo Icesi P3

Estudiantes de doctorado

Edgar Gutiérrez
Sandra Loaiza
 

Desarrollo tecnológico

Productos empresariales

Nombre                     Investigadores Proyecto
Planta piloto:  Laboratorio de computación de alto
rendimiento		 Mauricio Quimbaya P1
Planta piloto: Laboratorio húmedo para extracción de ácidos
nucleicos de tejidos vegetales		 Mauricio Quimbaya P1
Planta piloto: Laboratorio de dispositivos nano/micro-fluídicos Andrés Jaramillo P2
Planta piloto: Infraestructura para mejoramiento in silico de
variedades		 Jorge Finke P5
Planta piloto: Fenómica de cultivo Julián Colorado P4

 

En pruebas preliminares

Nombre                     Investigadores Proyecto
Equipo para la síntesis por reducción de electrodos de
grafeno  		 Andrés Jaramillo, Sammy Perdomo y Juan Manuel
Marmolejo		 P2
Potenciostato portable Andrés Jaramillo y Sammy Perdomo P2

Productos tecnológicos

Nombre                     Investigadores Proyecto
Software: Archivos de estructuras de GCR1 minimizada y embebida
en la membrana más solvente		 Carlos Arango y Andrés Jaramillo P3

Otros