Por: Jaime Aguilar y Michael Hernández
Nicolás López es ingeniero civil y tiene experiencia en el estudio de recursos hidráulicos y medio ambiente. Actualmente, se encuentra culminando el doctorado de Ingeniería y Ciencias Aplicadas de la Pontificia Universidad Javeriana Cali como becario del Programa ÓMICAS, donde desarrolla modelos computacionales para el mejoramiento de variedades agrícolas desde el proyecto In-silico liderado por el Profesor Camilo Rocha.
Con la ayuda de herramientas computacionales, los científicos pueden estudiar de manera más rápida y precisa los procesos biológicos, lo cual permite entender y mejorar las variedades agrícolas. Para este trabajo, Nicolás utiliza diversas técnicas como el análisis de grafos y el aprendizaje de máquina, entre otros, permitiéndole entender los procesos biológicos para interpretar cómo el ADN define rasgos y funciones en organismos vivos. De esta manera, puede identificar cuáles genes intervienen en esa condición y luego evaluar su comportamiento mediante procesos computacionales en condiciones de sobreexpresión o silenciamiento de los mismos.
Algunos resultados de su trabajo de investigación han sido el análisis de las interacciones entre proteínas y poder predecir, computacionalmente, potenciales interacciones de las cuales no se tiene evidencia empírica o experimental a nivel biológico.
Adicionalmente, ha logrado la consolidación de información de expresión y anotación de genes en caña de azúcar. En términos simples, anotación funcional se refiere a asignarle una función específica a un gen o proteína dentro de un organismo. Para este propósito, se construyó una fuente de información que consolida datos de expresión de dos versiones del genoma de un tipo particular de esta planta (Saccharum spontaneum AP85441). Este avance facilita la investigación computacional y reduce los tiempos de análisis en tareas como la generación de redes de co-expresión en cultivos de caña de azúcar, la predicción de la anotación funcional y la identificación de genes específicos a ciertos tipos de estrés en la planta, con la finalidad de brindar elementos que permitan generar nuevas variedades resistentes o a optimizar la producción de sacarosa.
El trabajo de investigación desde las ciencias ÓMICAS le ha permitido fortalecer su trabajo en el área computacional ingresando al mundo de la biología molecular, desarrollar trabajo en machine learning y en la consolidación de los conceptos de la ingeniería de software. Así mismo, su estadía como estudiante e investigador desde las instalaciones de la Pontificia Universidad Javeriana Cali, le ha fortalecido su pasión académica, dado que le gusta el proceso de enseñanza y a partir de su formación base, de ingeniería civil, y su área de investigación en el área de biología, puede aportar al trabajo de formación tanto en ingeniería civil como en la bioinformática de futuros profesionales.
Así mismo, Nicolás realizó una estancia doctoral en la Universidad Heinrich Heine de Düsseldorf, en Alemania, donde trabajó en técnicas bioinformáticas en proteínas para predecir interacciones. Esta experiencia le permitió verificar las oportunidades actuales que existen en la investigación biológica para los profesionales que tienen un perfil computacional, a su vez, identificar las oportunidades de las ciencias ómicas en otras áreas fuera de la agraria, como es la salud humana.
Su investigación ha tenido colaboraciones con otros proyectos del Programa ÓMICAS, como por ejemplo el de Genómica, liderado por el Profesor Mauricio Quimbaya, permitiéndole verificar los resultados de sus investigaciones computacionales con los resultados empíricos desde la biología.
