Simposio Ómicas 2021 – Modalidad talleres

Encargados: Nicolas Lopez, Miguel Romero, Camilo Rocha, Jorge Finke

Hora: 2:00 p.m.

Lugar: Pontificia Universidad Javeriana Cali

Duración: 4 horas

Dinámica:

1. Introducción (45min-1h)

• • Descripción de las herramientas de código abierto (Python y Google Colab)
• • Conceptos fundamentales de redes biológicas y sus elementos
• • Análisis de redes biológicas en Python

2. Redes de co-expresión y predicción de anotaciones funcionales (1.5 h)

• • Introducción a redes de co-expresión
• • Introducción a la ontología de genes: funciones y su jerarquía
• • Definición del problema: predicción de las funciones de genes
• • Predicción jerárquica de funciones

3. Redes de interacción proteína-proteína (1.5 h)

• • Introducción a redes de interacción proteína-proteína (PPI, por sus siglas en inglés) y nociones experimentales
• • Análisis de una red PPI: clausuras y caminos
• • Predicción determinística de interacciones
• • Predicción estocástica de interacciones

Encargados: Fernando Muñoz, Manuel Valencia, Catalina Trujillo, Sandra Loaiza, Bryan Múnera y Manuel Valencia

Lugar: Universidad de los Llanos (Solo estudiantes de Unillanos)

Hora: 2:00 p.m.

Duración: 4 horas

Objetivo: Aportar el conocimiento básico que permita a los estudiantes interesados de Unillanos el conocer las metodologías de cuantificación e interpretar los resultados de la emisión de gases de efecto invernadero provenientes del sistema de producción de la caña de azúcar

Dinámica:

Aspectos metodológicos para la cuantificación de la emisión de gases de efecto invernadero en suelos cultivados con caña de azúcar.

• – Muestreo de gases en campo.
• – Determinación de la concentración de gases de la muestras de campo.
• – Cálculo del flujo de emisión del gas.
• – Cálculo de la emisión acumulada del gas.
• – Modelos de aproximación indirecta.

Encargados: Jhonattan de la Roche, Andrés Jaramillo y Adriana Gómez

Hora: 8:00 a.m.

Lugar: Pontificia Universidad Javeriana Cali

Duración: Ocho horas

Objetivo: Este taller busca acercar a los estudiantes de la Facultad de Ingeniería y Ciencias de la Universidad a estas nuevas herramientas, particularmente a aquellos interesados en aprender sobre estas nuevas tecnologías y en lograr un nivel de competencia básico para su uso y aplicación

Dirigido a: Estudiantes y profesionales de ingeniería, ciencias físicas y ciencias de la vida

Temática:

1. Introducción a ciencia de materiales, duros y blandos (2 h)
2. Introducción a la teoría y aplicación de la Microscopía de Fuerza Atómica (AFM) y la Microscopía de Barrido Electrónico en caracterización de materiales, duros y blandos. (2 h)
3. Demostración dirigida de los AFM y SEM con fijación criogénica: morfología de superficies cristalinas y amorfas para sensado de biomarcadores (4 h)

Encargados: Pedro Miguel Hernández, Carlos A. Arango

Lugar: Pontificia Universidad Javeriana Cali

Hora: 8: 00 a.m.

Duración: ocho horas

Objetivo: Emplear los recursos gratuitos VMD y NAMD para modelar proteínas transmembrana –

Dinámica:

• • Instalación del software NAMD/VMD en portátiles de los estudiantes, [1 hora]
• • Generación de archivo de estructura de proteína, PSF, a partir de PDB de la proteína GCR1 [1 hora]
• • Ubicando la proteína en la membrana: Construcción de la membrana, Alineamiento de la proteína y la membrana, solvatación e ionización. [3 horas]
• • Ejecución de simulaciones: simulaciones con diferentes restricciones de movimiento para alcanzar equilibrio termodinámico del sistema, Ejecución de simulación final. [3 horas]

Encargados: Fernando Muñoz, Manuel Valencia, Catalina Trujillo, Sandra Loaiza, Bryan Múnera y Manuel Valencia

Lugar: Cenicaña

Hora: 8:00 a.m.

Duración: cuatro horas

Objetivo: Aportar el conocimiento básico que permita a los tecnólogos y profesionales vinculados al sector productivo de la caña de azúcar el conocer las metodologías de cuantificación e interpretar los resultados de la emisión de gases de efecto invernadero provenientes del sistema productivo.

Temática:

• – Muestreo de gases en campo.
• – Determinación de la concentración de gases de las muestras de campo.
• – Cálculo del flujo de emisión del gas.
• – Cálculo de la emisión acumulada del gas.
• – Modelos de aproximación indirecta.

Encargados: Mauricio Peñuela, Camila Riccio, Camilo Rocha, Jorge Finke

Lugar: Pontificia Universidad Javeriana Cali

Hora: 2:00 p.m.

Duración: 4 horas

Dinámica:

1. Introducción a conceptos biológicos (45min-1h)

• • ¿Qué es la recombinación genética?
• • ¿Cómo se estimaba la recombinación genética?
• • Aplicaciones de la recombinación genética

2. Modelo de recombinación predictivo (1.5 h)

• • Conceptos fundamentales de la recombinación genética
• • Construcción del modelo de recombianción
• • Rendimiento de la predicción del modelo

3. Arquitectura y aplicación de scripts en Python (sesión práctica - 1.5 h)

• • Procesamiento datos de entrada
• • Estructuración de código
• • Caso de estudio: Predicción de la recombinación genética de dos secuencias paternas