Del Gen al Cultivo
2019-11-28T07:00:00

En el taller del Gen al Cultivo, los participantes recibirán un conjunto de nuevos conocimientos y competencias que puedan ser transferidas en sus contextos particulares de estudio, investigación o aplicación.

Los participantes pueden seleccionar uno de los seis talleres que se ofrecerán, y que han sido diseñados y serán impartidos por los investigadores de los siete proyectos que conforman el programa ÓMICAS.

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Recomendaciones para el taller

Agenda

 

Conferencista principal

Mario Caccamo

Mario Caccamo

El profesor Caccamo es director del NIAB EMR y director adjunto del NIAB (Cambridge, Reino Unido). Sus intereses de investigación se centran en la aplicación de fenómica, genómica y otros enfoques basados ​​en datos para la mejora y el mejoramiento de cultivos vegetales.

Anteriormente, el profesor Caccamo dirigió el Instituto Earlham (anteriormente conocido como The  Genome Analysis Center), donde dirigió el trabajo para establecer uno de los mayores centros europeos de secuenciación de ADN y bioinformática.

Lideró el secuenciado del primer genóma completo de trigo y es miembro fundador del international Wheat Information System.

Programación

TALLER 1: USO DE HERRAMIENTAS PUNTUALES DE GENÓMICA COMPARATIVA

Objetivo de aprendizaje: Generar habilidades en el uso de herramientas puntuales de genómica comparativa que permitan la caracterización y anotación de genes específicos a partir de análisis de enriquecimiento funcional (Gene Ontology-GO) y rutas KEEG para entender en un contexto sistémico la funcionalidad celular.

Contenido:

  • Genómica comparativa y su importancia
  • Distinción entre relaciones de ortología y paralogía para la construcción de familias génicas.
  • Herramientas para la detección de genes ortólogos y parálogos.
  • PLAZA: Una herramienta WEB para realizar genómica comparativa.
  • Gene Ontology (GO) y Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (rutas KEGG), ¿qué son y para qué sirven?
  • Análisis de enriquecimiento funcional usando Cytoscape
  • Exploración de rutas KEGG desde LINUX.

Cupo máximo: 15-20 personas

Profesores: Mauricio Quimbaya y Fabián Tobar

TALLER 2: DISEÑO DE NANOSENSORES PARA CULTIVOS AGRÍCOLAS

Objetivos de aprendizaje: Diseño y Caracterización in-silico de primeros principios de nano-sensores (dispositivos por efecto de campo).

Contenido

  • Primeros principios de la física cuántica y aproximaciones 
  • Tipos de nano-sensores
  • Estructura electrónica de materiales
  • Caracterización de propiedades de transporte electrónico en dispositivos de 2 y 3 terminales
  • Caracterización de propiedades termodinámicas

Cupo máximo: 25-30

Profesores: Andrés Jaramillo Botero y Juan Manuel Marmolejo

TALLER 3: MODELADO Y SIMULACIÓN DE PROTEÍNAS MEDIANTE DINÁMICA MOLECULAR

Objetivos de aprendizaje: Modelado y simulación de proteínas mediante dinámica molecular 

 Contenido:

  • Campos de fuerza (covalentes, no-covalentes y reactivos)
  • Optimización de parámetros en campos de fuerza
  • Modelado y simulación de proteínas (globulares y de membrana)
  • Caracterización de propiedades estructurales y dinámicas

Profesores: Carlos Arango, Andrés Jaramillo Botero, Thaura Ghneim

TALLER 4: TECNOLOGÍAS Y MÉTODOS PARA LA FENOTIPIFICACIÓN DE CULTIVOS AGRÍCOLAS

Objetivos de aprendizaje: Tecnologías y métodos para la fenotipificación de cultivos agrícolas

Contenido:

  • Fenotipificación en cultivos de arroz
  • Herramientas HW/SW para fenotipificación 
  • IoT y drones en Agricultura de Precisión 
  • Modelado y Control de Drones autónomos para monitoreo agrícola por medio de imágenes aérea
  • Fusión sensorial de imágenes aéreas para fenotipado 

Cupo máximo: 20 personas.

Profesores: Camila Rebolledo, Julián Colorado, Hernán Benítez, Iván Mondragón, Luis E. Tobón y David Jiménez

TALLER 5: APRENDIZAJE AUTOMÁTICO EN BIOINFORMÁTICA

Objetivos de aprendizaje: Aprendizaje automático en bioinformática

Contenido:

  • Introducción al aprendizaje automático 
  • Ingeniería de características 
  • Evaluación y extracción de características
  • Balance de clases de datos 
  • La validación cruzada 
  • Introducción a arboles impulsados por gradiente
  • Introducción a técnicas de mínimo cuadrado ordinario 
  • Aplicación: Identificación de funciones moleculares a través de características topológicas de redes de coexpresión génica 
  • Aplicación: Identificación de rasgos fenotipícos de variedades de arroz 

Cupo: 20 personas

Profesor: Jorge Finke

TALLER 6: MITIGACIÓN DE GASES DE EFECTO INVERNADERO EN SISTEMAS DE CULTIVOS: TEORÍA Y CUANTIFICACIÓN

Objetivos de aprendizaje: Mitigación de gases de efecto invernadero en sistemas de cultivos: teoría y cuantificación.

Contenido

  • Presentación participativa de la teoría.
  • Ejercicio práctico de medición de GEI provenientes del suelo 
  • Ejercicio práctico sobre cálculo de GEI

Cupo máximo: 15 personas

 Profesor: Fernando Muñoz y Ngonidzashe Chirinda